第三方基金支付牌照申请流程是：准备材料，支付公司拥有央行颁发的第三方支付许可证。第三方支付许可证中有互联网支付指示。支付公司至少有一个直销银行协议，并调整了一定的网上支付渠道。不限于网上银行网关B2C，或快捷支付。还需要寻找两个合作伙伴：一家监管银行（需要资金支付监管系统）和一家合作基金公司。三方合作合同的签订。监管账户开立：基金公司和支付公司均应在监管银行开立基金托收账户。支付公司做这项业务都要接受双重监管，一般来说，监管银行应该开设三个账户。储备合作银行至少一个收付账户基金申购赎回账户，一个储备合作银行汇款账户（账户余额每天清算，主要是支付渠道的资金接入账户）。自有资金账户1个（主要用于支付支付公司向监管银行的资金划转手续费）。还需要找到基金公司帮助下载《证监会基金支付结算资格申请表》报送中国证监会。